Zbierka bola založená pravdepodobne pri vzniku Mineralogicko-petrografického ústavu Prírodovedeckej fakulty Slovenskej Univerzity v rokoch 1940-1942. Jej zakladateľom bol Prof. R. Lukáč, prednosta ústavu a správca v Slovenskom banskom múzeu (predtým Múzeum Dionýza Štúra) v Banskej Štiavnici (máj 1939 – august 1940) a tiež správca Ústavu mineralogicko-petrografického Fakulty chemicko-technologického inžinierstva Slovenskej vysokej školy technickej. Základom zbierky boli zbierky od firmy Krantz z Bonnu, Peschlova zbierka, Rongeho zbierka z Broumova a vzorky z Freibergskej baníckej akadémie (Mineralien Niederlage). Neskôr pribudli najmä darované vzorky a vzorky zo zberov z exkurzií, výskumov a stáží pracovníkov fakulty. V súčasnosti sa zbierka rozširuje najmä v oblasti topografickej a systematickej mineralógie Slovenska a v posledných rokoch sa rozvíja aj zbierka meteoritov. Katedra mineralógie, petrológie a ložiskovej geológie uchováva aj bohatý petrografický materiál čoho dokladom je aj rozsiahla petrografická expozícia. Spojením s katedrou ložiskovej geológie v roku 2021 boli do MMUK zahrnuté aj vzorky reprezentujúce minerály a paragenézy s mnohých najmä slovenských a českých ložísk. Katedre bol v r. 2007 zlikvidovaný depozit s tisíckami vzoriek vo Výskumnej stanici v Šúri.
História pracovísk so zbierkami na Univerzite Komenského
- založenie Univerzity Komenského (27. 6. 1919)
- premenovanie Univerzity Komenského na Slovenskú Univerzitu (1940)
- Prírodovedecká fakulta Slovenskej Univerzity (1940)
- 1.2.1941 – 1950 Mineralogicko-petrografický ústav
- 1950 Katedra geológie (zlúčenie Mineralogicko-petrografického ústavu a Geologicko-paleontologického ústavu Slovenskej Univerzity a 2 analogických geologických ústavov Slovenskej vysokej školy technickej v Bratislave do jednej spoločnej katedry)
- 1951 – 1952 Katedra mineralógie a petrografie
- Fakulta geologicko-geografických vied Slovenskej Univerzity (1952-1959)
- 1952 – 1959 Katedra mineralógie a petrografie
- 1952 – 1959 Katedra nerastných surovín
- premenovanie Slovenskej Univerzity späť na Univerzitu Komenského (1954)
- zlúčenie Fakulty geol.-geogr. vied a Prírodovedeckej fakulty (1959)
- Prírodovedecká fakulta Univerzity Komenského
- 1959 – 1981 Katedra mineralógie a kryštalografie Katedra petrografie Katedra nerastných surovín
- 1981 – 1986/87 Katedra geochémie a mineralógie Katedra petrografie Katedra nerastných surovín
- 1986/87 – 2020 Katedra mineralógie a petrológie Katedra geochémie Katedra ložiskovej geológie
- 2021 – dodnes Katedra mineralógie, petrológie a ložiskovej geológie Katedra geochémie